ส่วนวิชาการ มีหน้าที่รับผิดชอบรวบรวม ศึกษา วิเคราะห์สภาพปัญหาด้านวิกฤตน้ำทั้งที่เกี่ยวกับอุทกภัยและภัยแล้ง วางโครงการ และแผนงานในระบบลุ่มน้ำเพื่อจัดหาน้ำให้สอดคล้องกับความต้องการ จัดทำเอกสารทางวิชาการ ถ่ายทอดเทคโนโลยีความรู้ทางด้านวิศวกรรมแหล่งน้ำ เผยแพร่ประชาสัมพันธ์ให้แก่เจ้าหน้าที่และประชาชนทั่วไป สนับสนุนและดำเนินการวิจัย และพัฒนาทางด้านวิศวกรรมแหล่งน้ำ และอุทกวิทยา ให้การสนับสนุนทางด้านวิชาการในการวิเคราะห์ทดสอบวัสดุ ตรวจสอบคุณภาพน้ำ และเป็นศูนย์ข้อมูลสารสนเทศด้านน้ำ การพัฒนาแบบจำลองในระดับพื้นที่ รวมถึงการตรวจสอบข้อมูลโครงการตามแผนงานบูรณาการงบประมาณ โครงการเพื่อการบริหารจัดการลุ่มน้ำ ตลอดจนปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย