สำนักงานทรัพยากรน้ำภาค 10 จัดตั้งขึ้น เมื่อวันที่ 2 มีนาคม 2547

ตามคำสั่งกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ที่ 78/2547 ลงวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ.2547

ด้วยแผนยุทธศาสตร์การพัฒนาระบบราชการไทย (พ.ศ.2546- พ.ศ.2550) ให้มีการทบทวนการจัด โครงสร้างองค์กรให้มีความ เหมาะสมมากขึ้น รองรับสภาพแวดล้อมที่เปลี่ยนแปลงไปและให้การทำงาน มีความยืดหยุ่นคล่องตัวโดยที่พระราชกฤษฎีกา ว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี พ.ศ.2546 มาตรา 33 ได้บัญญัติให้ส่วนราชการทบทวนภารกิจและปรับปรุงอำนาจหน้าที่ โครงสร้างและอัตรากำลังให้สอดคล้องกัน

ดังนั้น กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม จึงได้ทบทวนภารกิจและการจัดโครงสร้าง ของกรมทรัพยากรน้ำ เพื่อให้การปฏิบัติราชการของกรมทรัพยากรน้ำในพื้นที่ลุ่มน้ำภาคใต้ดำเนินไปอย่างมีประสิทธิภาพเกิดประสิทธิผล และตอบสนอง ความต้องการของประชาชนได้อย่างทั่วถึงและรวดเร็ว จึงจัดตั้งสำนักงานทรัพยากรน้ำภาค 10 กรมทรัพยากรน้า กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม รับผิดชอบพื้นที่ ลุ่มน้ำชายฝั่งทะเล ภาคใต้ฝั่งตะวันออกตอนบน ลุ่มน้ำตาปีและลุ่มน้ำชายฝั่งทะเลภาคใต้ฝั่งตะวันตกตอนบน