สืบเนื่องมาจากพื้นที่ในเขตจังหวัดภาคเหนือตอนล่าง ประสบปัญหาวิกฤติน้ำท่วม ภัยแล้ง และดินถล่ม นับวันจะทวีความรุนแรงมากยิ่งขึ้น ดังนั้น เพื่อดำเนินการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ และแก้ไขปัญหาเรื่องน้ำในพื้นที่ให้มีประสิทธิภาพเกิดประสิทธิผล ตอบสนองความต้องการของประชาชนได้อย่างทั่วถึงและรวดเร็ว และเกิดประโยชน์สูงสุดแก่ประชาชนในพื้นที่ กรมทรัพยากรน้ำ จึงเห็นสมควรจัดตั้งสำนักงานทรัพยากรน้ำภาค ๙ ซึ่งเป็นหน่วยงานราชการส่วนกลางที่ตั้งขึ้นในส่วนภูมิภาคที่จังหวัดพิษณุโลก ตามคำสั่งกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ที่ ๗๗/๒๕๔๗ ลงวันที่ ๒ มีนาคม ๒๕๔๗ และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมทรัพยากรน้ำ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๕๑ โดยแบ่งภารกิจหน้าที่มาจาก สำนักงานทรัพยากรน้ำภาค ๑ ซึ่งตั้งอยู่ที่จังหวัดลำปาง
สำนักงานทรัพยากรน้ำภาค ๙ มีภารกิจหน้าที่ได้รับมอบหมายจากกรมทรัพยากรน้ำ ให้รับผิดชอบพื้นที่ลุ่มน้ำยมและลุ่มน้ำน่าน ครอบคลุมทั้งสิ้นรวม ๖ จังหวัด ประกอบด้วยจังหวัดน่าน จังหวัดแพร่ จังหวัดอุตรดิตถ์ จังหวัดสุโขทัย จังหวัดพิษณุโลก และจังหวัดพิจิตร
ประวัติการจัดตั้งสำนักงานทรัพยากรน้ำภาค ๙
- เริ่ม เม.ย. ๒๕๔๘ - ส.ค. ๒๕๔๘ จัดตั้งสำนักงานชั่วคราว ที่อาคารส่วนบริหารจัดการน้ำ(พิษณุโลก) อยู่ในบริเวณพื้นที่ของสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาค ๓ อำเภอวังทอง จังหวัดพิษณุโลก
- ก.ย. ๒๕๔๘ - ต.ค. ๒๕๕๒ จัดตั้งสำนักงานชั่วคราว บริเวณมหาวิทยาลัยราชภัฏพิบูลสงคราม (ส่วนสนามบิน) ถนนสนามบิน อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก
- พ.ย. ๒๕๕๒ - สิงหาคม ๒๕๕๘ จัดตั้งสำนักงานชั่วคราว เลขที่ 625/10 ถนนพิชัยสงคราม ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก
- ปัจจุบัน จัดตั้งสำนักงานถาวร เลขที่ 819 หมู่ 8 ตำบลวังทอง อำเภอวังทอง จังหวัดพิษณุโลก
