ผลจากการปฏิรูประบบราชการเมื่อปลายปี 2545 ที่ผ่านมา ได้นำไปสู่การจัดตั้ง กรมทรัพยากรน้ำ สังกัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ในฐานะหน่วยงานภาครัฐที่มีภารกิจหลักด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำอย่างครบวงจร โดยมีสำนักงานทรัพยากรน้ำภาค 6 เป็นหน่วยงานส่วนกลางในภูมิภาค สังกัดภายใต้กรมทรัพยากรน้ำ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม 

ในปี 2560 หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ได้จัดตั้งสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติขึ้น โดยตัดโอนภารกิจและอัตรากำลังของกรมทรัพยากรน้ำบางส่วนให้กับสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ

จากการมุ่งมั่น ตั้งใจ ของกรมทรัพยากรน้ำ เพื่อให้ในการเสนอตรากฎหมาย การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำของประเทศ ทั้งในมิติด้านการจัดสรร การใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู การอนุรักษ์ และสิทธิในน้ำมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล อันจะเป็นประโยชน์แก่การบริหารสาธารณูปโภคและประโยชน์สาธารณะอย่างอื่นมีผลให้พระราชบัญญัติทรัพยากรน้ำ พ.ศ. 2561 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 135 ตอนที่ 112 ก เมื่อวันที่ 28ธันวาคม 2561

ต่อมาปี 2565 กรมทรัพยากรน้ำ ได้ปรับปรุงโครงสร้าง บทบาทและหน้าที่ เพื่อให้การปฏิบัติราชการเกิดผลสัมฤทธิ์อย่างเป็นไปตามเป้าหมาย แนวทาง แผนปฏิบัติราชการอย่างมีประสิทธิภาพสอดคล้องและตอบสนองต่อยุทธศาสตร์ชาติ 20 ปี แผนปฏิรูปประเทศ และแผนปฏิบัติราชการกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม รวมถึงการดำเนินการตามพระราชบัญญัติทรัพยากรน้ำ พ.ศ. 2561

สำนักงานทรัพยากรน้ำภาค 6 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 6 (Water Resources Office 6) ชื่อย่อ “ สทน.6 ”
รับผิดชอบครอบคลุมพื้นที่ 8 จังหวัด ได้แก่ นครนายก ฉะเชิงเทรา ปราจีนบุรี สระแก้ว ชลบุรี ระยอง จันทบุรี และตราด
เป็นหน่วยงานส่วนกลางในภูมิภาค สังกัดกรมทรัพยากรน้ำ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

มีหน้าที่และอำนาจในพื้นที่ที่รับผิดชอบ ดังต่อไปนี้ 
(1) ควบคุม ดูแล กำกับ และเสนอแนะมาตรการ หลักเกณฑ์และวิธีการเพื่อการอนุรักษ์และการพัฒนาทรัพยากรน้ำสาธารณะ 
(2) ส่งเสริมการมีส่วนร่วมของประชาชน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และประชาชน และพัฒนาเสริมสร้างองค์ความรู้ของเครือข่ายกลุ่มผู้ใช้น้ำในระดับพื้นที่ 
(3) ศึกษา วิเคราะห์ และพัฒนางานด้านการอนุรักษ์ ฟื้นฟู พัฒนาทรัพยากรน้ำ เพื่อสนับสนุน การปฏิบัติการในระดับพื้นที่ 
(4) พัฒนา อนุรักษ์ ฟื้นฟู ปรับปรุงแหล่งน้ำ และระบบกระจายน้ำในระดับพื้นที่ 
(5) วิเคราะห์ปริมาณและคุณภาพน้ำ พัฒนาทดสอบวัสดุอุปกรณ์ในการพัฒนาและบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับพื้นที่ 
(6) กำกับ ดูแล การจัดสรรและการใช้ทรัพยากรน้ำสาธารณะในระดับพื้นที่ให้เป็นไปตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง 
(7) สำรวจและจัดเก็บข้อมูลน้ำ เป็นศูนย์เครือข่ายข้อมูลและสารสนเทศเกี่ยวกับการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับพื้นที่ 
(8) ดำเนินการเฝ้าระวัง ป้องกันบรรเทา และแก้ไขปัญหาวิกฤตน้ำ 
(9) ส่งเสริม สนับสนุน และให้คำปรึกษาด้านเทคนิควิชาการ มาตรฐานและกฎเกณฑ์เกี่ยวกับการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแก่หน่วยงานของรัฐ และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 
(10) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่อธิบดีมอบหมาย    

สถานที่ตั้ง สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 6 เลขที่ 820 ตำบลหน้าเมือง อำเภอเมืองปราจีนบุรี จังหวัดปราจีนบุรี 25000
เบอร์โทรศัพท์ 0-3721-3638-9