ส่วนอำนวยการ
1) ปฏิบัติงานสารบรรณ
2) ดำเนินการเกี่ยวกับการบริหารงานบุคคล
3) ดำเนินการเกี่ยวกับ การเงิน การบัญชี การงบประมาณ การพัสดุ อาคารและสถานที่ และยานพาหนะ
4) ประสานงานและดำเนินการจัดทำแผนงานโครงการด้านการบริหาร พัฒนา อนุรักษ์ และฟื้นฟูแหล่ง
5) เผยแพร่ประชาสัมพันธ์ผลการดำเนินงานของสำนักงานทรัพยากรน้ำภาค

ส่วนวิชาการ
1. รวบรวม ศึกษา วิเคราะห์ สภาพปัญหาน้ำของลุ่มน้ำ เพื่อกำหนดแนวทางแก้ไขปัญหาอย่างเป็นระบบ
2. ศึกษา วิเคราะห์ ปัญหาด้านวิกฤติน้ำทั้งที่เกี่ยวกับอุกทกภัยและภัยแล้ง เพื่อกำหนดแนวทางป้องกัน และแก้ไขปัญหาวิกฤติน้ำ
3.วางโครงการและแผนงานในระบบลุ่มน้ำเพื่อการจัดหาน้ำให้สอดคล้องกับความต้องการ
4.จัดทำเอกสารทางวิชาการ เพื่อเผยแพร่และประชาสัมพันธ์แก่บุคลากรทั้งภายในหน่วยงานและหน่วยงานต่าง ๆ
5.ประสาน รวบรวม และสนับสนุน การจัดทำฐานข้อมูลที่เกี่ยวกับการศึกษาการวางแผน การดำเนินงานใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับทรัพยากรน้ำ รวมทั้งการใช้และการพัฒนาส่งเสริมเทคโนโลยีสารสนเทศของหน่วยงาน
6.สนับสนุนงานด้านวิจัยและพัฒนาทางด้านวิศวกรรมแหล่งน้ำและอุทกวิทยา
7.ให้คำปรึกษาแนะนำถ่ายทอดเทคโนโลยี ความรู้ด้านวิศวกรรมแหล่งน้ำต่าง ๆ ให้หน่วยงานของรัฐและ องค์กรปกครองสวนท้องถิ่น
8.ให้การสนับสนุนการทำงานวิชาการด้านน้ำในเรื่องของการวิเคราะห์ทดสอบวัสดุตรวจสอบคุณภาพน้ำ การตรวจสอบข้อมูลโครงการตามแผนงานบูรณาการงบประมาณโครงการต่าง ๆ ของลุ่มน้ำ

ส่วนพัฒนาและฟื้นฟูแหล่งน้ำ
1.รวบรวมข้อมูล และประสานการจัดทำโครงการ แผนงาน ด้านการพัฒนาอนุรักษ์และฟื้นฟูแหล่งน้ำ รวมทั้งการป้องกันและแก้ไขวิกฤติน้ำ ร่วมกับหน่วยงานหรือองค์กรที่เกี่ยวข้อง เช่น องค์กรบริหารจัดการลุ่มน้ำ ทุกระดับ ฯลฯ
2.ปฏิบัติการและสนับสุนนเทคโนโลยี แบบแปลน และมาตรฐานต่าง ๆ เพื่อการศึกษา การสำรวจออกแบบ ประมาณการ และการดำเนินก่อสร้าง โครงการพัฒนา อนุรักษ์และฟื้นฟูแหล่งน้ำ รวมทั้งการป้องกันและแก้ไขปัญหาวิกฤติน้ำ
3.ให้คำปรึกษา แนะนำ และความรู้ทางวิชาการ ด้านวิชาการแหล่งน้ำ แก่หน่วยงานองค์การต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องหรือส่วนที่ขอรับความช่วยเหลือ
4.ควบคุม กำกับ และติดตามประเมินผลการพัฒนา อนุรักษ์ ฟื้นฟู และบำรุงรักษาแหล่งน้ำ

ส่วนบริหารจัดการน้ำ
1.สนับสนุนด้านวิชาการในการดำเนินการบริหารจัดการน้ำ โดยเฉพาะระบบน้ำสะอาดสำหรับการบริโภคและอุปโภค ให้แก่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ชุมชน เพื่อให้การบริหารจัดการน้ำเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ คุ้มค่า สอดคล้องกับแนวทางการพัฒนาและการใช้ประโยชน์ทรัพยากรน้ำในเชิงพื้นที่ ตามศักยภาพของลุ่มน้ำ
2.ส่งเสริมเผยแพร่ และถ่ายทอดความรู้ด้านวิชาการในการดูแลรักษาและการบริหารจัดการน้ำ โดยเฉพาะระบบน้ำสะอาดสำหรับการบริโภคและอุปโภคให้แก่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ชุมชน เพื่อให้สามารถ ใช้ประโยชน์ทรัพยากรน้ำได้อย่างเพียงพอ ทั่วถึง เป็นธรรมและยั่งยืน
3.การศึกษาค้นคว้า วิจัย และการพัฒนาเครื่องมือ ตลอดจนเทคโนโลยีเพื่อใช้ประโยชน์ในการพัฒนาการบริหารจัดการน้ำ โดยเฉพาะระบบน้ำสะอาดสำหรับการบริโภคและอุปโภค และการพัฒนาองค์ความรู้ขององค์กร
4.ติดตามประเมินผล การดำเนินการบริหารจัดการน้ำ โดยเฉพาะระบบน้ำสะอาดสำหรับการบริโภคและอุปโภคตามกลยุทธ์ เป้าหมาย และแผนปฏิบัติการที่ได้กำหนดไว้
5.ตรวจสอบ ควบคุม กำกับ ดูแล การดำเนินงานเกี่ยวกับการประกอบกิจการประปา สัมปทาน ในส่วนที่เกี่ยวข้อง

ส่วนประสานและบริหารจัดการลุ่มน้ำท่าจีน
1.รวบรวมข้อมูล รวมทั้งประสานการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำและระดับท้องถิ่น
2. สนับสนุนการมีส่วนร่วมของประชาชนและการจัดตั้งองค์การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำ
3. พัฒนาขีดความสามารถรวมทั้งเผยแพร่ประชาสัมพันธ์ ถ่ายทอดความรู้ เทคโนโลยีให้กับองค์การต่าง ๆ และประชาชน
4. ปฏิบัติงานในฐานะเลขานุการของคณะกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำ

ส่วนประสานและบริหารจัดการลุ่มน้ำเพชรบุรีและประจวบคีรีขันธ์
1.รวบรวมข้อมูล รวมทั้งประสานการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำและระดับท้องถิ่น
2.สนับสนุนการมีส่วนร่วมของประชาชนและการจัดตั้งองค์การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำ
3.พัฒนาขีดความสามารถรวมทั้งเผยแพร่ประชาสัมพันธ์ ถ่ายทอดความรู้ เทคโนโลยีให้กับองค์การต่าง ๆ และประชาชน
4.ปฏิบัติงานในฐานะเลขานุการของคณะกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำ

ส่วนประสานและบริหารจัดการลุ่มน้ำแม่กลอง
1.รวบรวมข้อมูล รวมทั้งประสานการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำและระดับท้องถิ่น
2.สนับสนุนการมีส่วนร่วมของประชาชนและการจัดตั้งองค์การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำ
3.พัฒนาขีดความสามารถรวมทั้งเผยแพร่ประชาสัมพันธ์ ถ่ายทอดความรู้ เทคโนโลยีให้กับองค์การต่าง ๆ และประชาชน
4.ปฏิบัติงานในฐานะเลขานุการของคณะกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับลุ่มน้ำ

ส่วนยุทธศาสตร์
1. ศึกษา รวบรวม วิเคราะห์ข้อมูล เพื่อส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาขีดความสามารถขององค์กรลุ่มน้ำ ทุกระดับในการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ จัดทำแผนปฏิบัติการบริหารจัดการน้ำ สำรวจ ออกแบบ อนุรักษ์ ฟื้นฟู การใช้ประโยชน์ และการแก้ไขปัญหาน้ำในลุ่มน้ำและพัฒนาฐานข้อมูลสารสนเทศทรัพยากรน้ำในลุ่มน้ำให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์กระทรวงและภารกิจตามนโยบายรัฐบาล
2.ประสานและดำเนินการร่วมกับหน่วยงานภายในเพื่อปฏิบัติงานให้เป็นไปตามยุทธศาสตร์
3.ติดตาม รายงาน และประเมินผลการปฏิบัติงานตามยุทธศาสตร์
4.ฝึกอบรม เป็นวิทยากร หรือให้คำปรึกษา แนะนำในการปฏิบัติงานแก่เจ้าหน้าที่ระดับรองลงมา
5.ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

ส่วนอุทกวิทยา(ราชบุรี)
1.จัดตั้ง / บำรุงรักษาเครือข่ายสถานีสำรวจข้อมูลอุทกวิทยาและอุตุนิยมวิทยาในลุ่มน้ำพื้นที่รับผิดชอบให้เหมาะสม และถูกต้องตามหลักวิชาการ
2.สำรวจตรวจวัดข้อมูลทางอุตุนิยมวิทยา อุทกวิทยา และข้อมูลอื่น ๆ ที่มีผลกระทบต่อการเกิดดับหมุนเวียนของน้ำท่า เช่น การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิประเทศของแต่ละลุ่มน้ำ
3.การวางแผนควบคุมตรวจสอบ วบรวมข้อมูลที่ได้จากผลการสำรวจอุทกวิทยานำมาวิเคราะห์ความเป็นไปได้ แล้วจึงประมวลผล จัดทำเป็นข้อมูลพื้นฐาน (Basis Data) ในรูปฟอร์มต่าง ๆ ตามหลักวิชาการประมวล เป็นเชิงสถิติอุทกวิทยาในรูปแบบที่สมบูรณ์พร้อมที่จะนำไปใช้งานในด้านการวางโครงการพัฒนาแหล่งน้ำ และด้านอื่น ๆ และดำเนินการจัดพิมพ์ เป็นสถิติทางอุทกวิทยารายปี(Yearbook)
4.ศึกษา ค้นคว้า วิเคราะห์ วิจัยข้อมูลทางอุทกวิทยา และอุตุนิยมวิทยา เพื่อนำไปประยุกต์ใช้ในการออกแบบ อุทกวิทยาของโครงการพัฒนาแหล่งน้ำ และวางแผนการจัดการในแต่ละลุ่ม