ส่วนวิชาการ
ภารกิจ
1)  รวบรวม ศึกษา วิเคราะห์ สภาพปัญหาของลุ่มน้ำ เพื่อกำหนดแนวทางแก้ไขปัญหาอย่างเป็นระบบ
2)  ศึกษา วิเคราะห์ ปัญหาด้านวิกฤตน้ำทั้งที่เกี่ยวกับอุทกภัยและภัยแล้ง เพื่อกำหนดแนวทางการป้องกันและแก้ไขปัญหาวิกฤตน้ำ
3)  วางโครงการและแผนงานในระบบลุ่มน้ำเพื่อการจัดหาน้ำให้สอดคล้องกับความต้องการ
4)  จัดทำเอกสารทางวิชการ เพื่อเผยแพร่และประชาสัมพันธ์แก่บุคคลากรทั้งภายในหน่วยงานและหน่วยงานต่างๆ
5)  ประสาน รวบรวม และสนับสนุน การจัดทำฐานข้อมูลเกี่ยวกับการศึกษาการวางแผน การดำเนินงานใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับทรัพยากรน้ำ รวมทั้งการใช้
     และการพัฒนาส่งเสริมเทคโนโลยีสารสนเทศของหน่วยงาน
6)  สนับสนุนงานด้านวิจัยและพัฒนาทางด้านวิศวกรรมแหล่งน้ำและอุทกวิทยา
7)  ให้คำปรึกษาแนะนำถ่ายทอดเทคโนโลยี ความรู้ด้านวิศวกรรมแหล่งน้ำต่างๆ  ให้หน่วยงานของรัฐและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
8)  ให้การสนับสนุนการทำงานวิชาการด้านน้ำในเรื่องของการวิเคราะห์และทดสอบวัสดุ ตรวจสอบคุณภาพน้ำ การตรวจสอบข้อมูลโครงการตามแผนงานบูรณาการ งบประมาณโครงการต่างๆ ของลุ่มน้ำ

ส่วนพัฒนาและฟื้นฟูแหล่งน้ำ
ภารกิจ
1)  รวบรวมข้อมูล และประสานการจัดทำโครงการ แผนงาน ด้านการพัฒนา  อนุรักษ์และฟื้นฟูแหล่งน้ำ  รวมทั้งการป้องกันและแก้ไขวิกฤตน้ำ ร่วมกับหน่วยงาน หรือองค์กรที่เกี่ยวข้อง เช่น องค์กรบริหารจัดการลุ่มน้ำ ทุกระดับ
2)  ปฏิบัติการและสนับสนุนเทคโนโลยี แบบแปลน  และมาตรฐานต่างๆ เพื่อการศึกษาการสำรวจออกแบบ  ประมาณการ และการดำเนินก่อสร้าง โครงการพัฒนาอนุรักษ์และฟื้นฟูแหล่งน้ำ รวมทั้งการป้องกันและแก้ไขปัญหาวิกฤติน้ำ
3)  ให้คำปรึกษา แนะนำ และความรู้ทางวิชการ ด้านวิชาการแหล่งน้ำ แก่หน่วยงานองค์การๆ ที่เกี่ยวข้องหรือส่วนที่ขอรับความช่วยเหลือ
4)  ควบคุม กำกับ และติดตามประเมินผลการพัฒนา อนุรักษ์ ฟื้นฟู และบำรุง รักษาแหล่งน้ำ