ส่วนการจัดสรรน้ำ มีหน้าที่รับผิดชอบ ตามคำสั่งกรมทรัพยากรน้ำ ที่ 539/2565 ลงวันที่ 9 พฤศจิกายน 2565 เรื่อง การกำหนดโครงสร้างการแบ่งงานและอำนาจหน้าที่ความรับผิดชอบของหน่วยงานภายในกรมทรัพยากรน้ำ ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมทรัพยากรน้ำ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2565 ดังนี้
1) ศึกษา วิเคราะห์ ส่งเสริมเกี่ยวกับสัมปทานประกอบกิจการประปา และตรวจสอบควบคุมกำกับ ให้เป็นไปตามกฎหมาย
2) ศึกษา วิเคราะห์ ส่งเสริมเกี่ยวกับอนุญาตการใช้น้ำและการจัดเก็บค่าใช้น้ำ และตรวจสอบควบคุมกำกับ ให้เป็นไปตามกฎหมาย
3) สนับสนุน ให้คำแนะนำ เทคนิควิชาการ ด้านการใช้น้ำและการจัดการน้ำอุปโภคบริโภคให้แก่หน่วยงานของรัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และประชาชน รวมถึงการดำเนินการตามโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริและโครงการหลวง
4) สนับสนุน ส่งเสริมการจัดสรรน้ำและการใช้น้ำ

มีพื้นที่ในความรับผิดชอบ 5 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดขอนแก่น จังหวัดกาฬสินธุ์ จังหวัดชัยภูมิ จังหวัดมหาสารคาม และจังหวัดร้อยเอ็ด